日本文部科学省与厚生劳动省决定允许使用"基因编辑"技术进行受精卵研究，但仅限于基础研究。目前仍禁止开展把经过编辑的受精卵组送回女性子宫的临床应用。最早将于2019年4月解禁。有声音期待该研究有助于查明不孕症等疾病的原因。
日本将解禁的是使用基因编辑技术改变人类受精卵基因的研究。研究中使用的受精卵来自用于不孕症治疗的多余受精卵，均为受精14天以内的受精卵（不包括冷冻保存的时间）。由于伦理和安全层面存在问题，禁止把经过基因编辑的受精卵送回人或动物的子宫内。
日本文部科学省和厚生劳动省在专门委员会上批准了有关使用基因编辑技术的临床应用指针。指针提出，仅限开展生殖辅助医疗的基础研究，把遗传病和癌症的治疗等临床应用作为今后的讨论课题。
有声音期待，使用基因编辑技术调查受精卵的基因，将有助于查明不孕症的机制。一方面，也有意见指出，此类研究可能被应用于"设计婴儿"，即根据父母的要求改写基因。
在受精卵的基因编辑研究方面，海外领先日本。中国于2015年以提高基因编辑的效率和治疗遗传性疾病为目的启动研究。美国于2017年在实验中成功高效修复了引发遗传性心脏病的基因变异。英国也启动了调查不孕症原因的生殖辅助医疗基础研究。
由于海外纷纷启动研究，日本也出现了应解禁研究的声音。从2018年3月开始，日本"综合科学技术创新会议"决定制定受精卵基因编辑研究的指针，并在文部科学省和厚生劳动省的专门委员会上进行讨论。
但关于基因编辑的临床应用，日本厚生劳动省的其他委员会仍在讨论是否解禁基因治疗。
